اول آبان ماه سال 56 بود که خبر شهادت حاج آقا مصطفی خمینی دهان به دهان چرخید و دیگر به گوش همه اهالی نجف رسیده بود. امام اما چون کوه ایستاده بود و توصیه ای فرمود.
اول آبان سال 56 بود که حاج آقا مصطفی خمینی به طرز مشکوکی به شهادت رسیدند. هر طور که بود باید خبر را به امام می رساندند. در این میان واکنش امام همه را به تحیر واداشته بود. حاج احمد آقا این واکنش را اینطور روایت کرده است:
امام به قدری در جریان شهادت حاج آقا مصطفی آرام برخورد کردند که وقتی ما جریان را به ایشان بازگو کردیم ایشان انگشتان خود را به آرامی تکان داده و سه مرتبه فرمودند: «انا لله و انا الیه راجعون» و تنها جمله ای که بعد از کلمه استرجاع بر زبان راندند این بود که: «سعی کنید مستحبات را نسبت به ایشان انجام دهید».
